Né en 1964 à Paris, Jocelyn Daubigney étudie la flûte Böehm avec Raymond Guiot, Alain Marion et Ida Ribéra. A l’issue de ce parcours, deux premiers prix de la Ville de Paris lui seront décernés en 1981 et 1982.

Son intérêt pour la musique ancienne le conduit à travailler avec Pierre Séchet au Conservatoire National Supérieur de Musique de Paris où il obtient en 1988 un premier prix. Puis sous la conduite de Barthold Kuijken au Conservatoire Royal de Bruxelles, il remporte en 1991 le diplôme supérieur d’exécution avec « grande distinction ».

Jocelyn Daubigney joue et enregistre avec différentes formations baroques : Les Talens Lyriques (Christophe Rousset) avec lequel il se produit en tant que flûte solo au sein de l’orchestre mais aussi en musique de chambre, Le Concert Spirituel (Hervé Niquet), La Grande Ecurie (J.-C. Malgoire), l’Orchestre des Champs-Elysées (Philippe Herreweghe), Les Folies Françaises (Patrick Cohen), L’ensemble Philidor (Daniele Latini), Le Concert D’Astrée (Emmanuelle Haïm).

En 1995, il effectue pour Deustche Harmonia Mundi, l’enregistrement de l’intégrale des Fantaisies pour flûte seule de Georg-Philipp Telemann.

Pour Naxos il enregistre deux volumes de cantates françaises consacrés à Louis-Nicolas Clérambault puis l’intégrale des Concertos pour cinq flûtes de Joseph-Bodin de Boismortier disque qui reçoit à sa sortie un Choc du monde de la musique.

En décembre 2005, au Carnegie Hall de New York, point d’orgue d’une tournée qui le conduit successivement en France en Italie et en Suisse, il interprète en compagnie des Talens Lyriques et de Christophe Rousset, le Concerto en do Majeur pour flûte et orchestre de Jean-Marie Leclair.

En 2007, année essentiellement consacrée à Jean-Sébatien Bach et ses fils, il enregistre avec les mêmes artistes, l’unique Concerto en ré majeur de Wilhelm Friedemann Bach pour le label Ambroisie/Naïve récemment paru sous le nom de Bach Dynastie.
Puis, invité à Bern la même année, il se produit aux côtés de Christophe Rousset pour un récital flûte et clavecin autour d’œuvres de Jean-Sébatien Bach, Wilhelm Friedemann Bach et Carl-Philipp-Emmanuel Bach.

Depuis 2009, de nombreuses productions autour des répertoires classiques et romantiques le conduisent notamment à participer à de nombreux concerts (France et Tchécoslovaquie) autour des quatuors de Rossini (Ensemble PHILIDOR), mais aussi en compagnie de la soprano Véronique Gens et le chef d’orchestre Christophe Rousset dans Verdi, Massenet, Meyerbeer (disque Virgin récompensé par un Choc Classica Novembre 2011)

Depuis 2005, Jocelyn Daubigney, est régulièrement invité à donner des masterclasses dans le cadre de L’Académie Internationale de Musique Baroque d’Orléans.